施工合同约定的仲裁条款是否适用于因偿付工程欠款签订《还款协议书》?

仲裁条款具有独立性。《仲裁法》第十九条第一款规定，仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。上述法律规定充分体现仲裁条款在民事合同中具有独立性。

工程结算后，施工合同双方对发包人欠付承包人工程价款数额达成一致，即工程欠款数额已成为一个定数。《还款协议书》是为履行施工主合同签订的，体现了工程结算的结果，其性质为补充协议，是对施工主合同的补充、细化。同时，《还款协议书》是对从签约到结算的前期履约行为作一了断，对后期确认欠款数额、还款时间、还款方式等内容作出约定；从《还款协议书》文义内容看，主要内容更像是借款合同，发包人主要义务按约定还钱，《还款协议书》具有独立性。

据此，施工主合同约定的仲裁条款适用于因履行《还款补充协议》发生的纠纷案件。